Andrea Bornstein si è diplomato in flauto dolce a Bologna nel 1981 con il massimo dei voti.
Specializzato in musica antica, ha suonato in vari gruppi musicali, specialmente l'Ensemble Oswald von Wolkenstein, del quale è stato direttore artistico e con il quale ha inciso due CD: Il primo libro de' balli di Giorgio Mainerio (1980) e Gioite tutti in suoni, canti e balli (1989).
Nel 1996 si è trasferito in Inghilterra, dove nel dicembre 2001 ha conseguito il dottorato di ricerca (PhD) all'Università di Birmingham, e dove ha insegnato per tre anni e della quale è attualmente Honorary Research Fellow.
Ha al suo attivo numerose pubblicazioni, tra cui: Gli strumenti musicali del Rinascimento (Padua: Franco Muzzio Editore, 1987), attualmente in programma in corsi universitari e di conservatorio.
E' inoltre direttore editoriale di quattro collane musicali delle Edizioni Ut Orpheus di Bologna (http://www.utorpheus.com) con le quali ha pubblicato più di cento volumi dedicati alla musica antica; tra questi l'opera omnia di Claudio Monteverdi, attualmente in corso di pubblicazione.